Cirkonu saturošo dabisko silikātu ZrSiO4 sauc par cirkonu (Cirkonu) vai hiacintu (hiacinti), kas plaši izplatīts dabā, ar dažādām skaistām krāsām no oranžas līdz sarkanai, kopš seniem laikiem to uzskata par dārgakmeni, runā, ka vārds cirkons nāk no arābu vārda Zarqūn, kas ir cinobrs, kā arī teikts, ka tas cēlies no persiešu vārda Zargun, kas ir zelts, un hiacinte nāk no grieķu vārda "lilija", un salu valsts Šrilanka Indijas okeānā ir bagāts ar cirkonu. Dārgakmeņi, kas satur cirkoniju kā cirkona formu, ir zināmi kopš seniem laikiem.
1789. gadā vācietis MHKlaprots atklāja, ka, pētot cirkonu, tas ir eitektisks ar nātrija hidroksīdu, dzesēšanas šķidrums tika izšķīdināts ar sālsskābi, šķīdumam tika pievienots kālija karbonāts, nogulsnes tika filtrētas un notīrītas, un pēc tam nogulsnes tika apvienotas. uzvārīja ar sērskābi un pēc tam izfiltrēja silīcija oksīdu, un kalcijs, magnijs , kā arī nesadarbojās ar skābi, piemēram, magnija oksīdu, Klaprots uzskatīja, ka šīs nogulsnes atšķiras no iepriekš zināmajiem oksīdiem, un tās sastāvēja no Cirkonerde (cirkonija, vācu), un drīz franču ķīmiķis de Both Morueau un Voquelin apstiprināja MH pareizību. Klaprota analīzē elementa latīņu nosaukums ir cirkonijs, un simbols ir Zr, kas ķīniešu valodā tiek tulkots kā cirkonijs.
1808. gadā brits H.Davy izmantoja elektrisko strāvu, lai sadalītu cirkonija savienojumus, bez panākumiem, 1824. gadā Zviedrijas JJ Berzelius pirmo reizi izmantoja kāliju, lai reducētu K2ZrF6, lai iegūtu metāla cirkoniju, taču tas nebija pietiekami tīrs, reakcijas formula bija: K2ZrF{ {5}}K=Zr + 6KF, reakcijā var izmantot arī Na kā reducētāju, līdz 1914. gadam divi pētnieki Lely un Ham metāla baltā karsto lampu ražotnē Nīderlandē Brugerā. izmantoja bezūdens cirkonija tetrahlorīdu un lieko nātrija metālu tukšā bumbiņā, karsēja ar elektrisko strāvu 500 grādu temperatūrā un ieguva tīru metāla cirkoniju.
Pilnīgi tīru cirkoniju tikai 1925. gadā ražoja holandiešu ķīmiķi Antons Eduards van Arkels un Jans Hendriks de Būrs, sadalot cirkonija tetrajodīdu (ZrI4). Cirkonijs tiek ražots lielos daudzumos, karsējot cirkonija tetrahlorīdu ar magniju.